Monsignore pubblica tre lettere pastorali, rispettivamente nel 1977, nel 1978 (in collaborazione con mons. Rivera Damas) e nel 1979 (in agosto, sei mesi prima del suo martirio), alti documenti di riflessione ecclesiale, che contengono i fondamenti del suo magistero. In esse Romero afferma che la chiesa deve denunziare il "peccato sociale" o "peccato strutturale", cioè la cristallizzazione degli egoismi individuali in strutture sociali, economiche, culturali e politiche permanenti che schiacciano ed emarginano la maggioranza del popolo; ma, come quella di Cristo, la denuncia della Chiesa non è ispirata dall'odio né dal risentimento, cerca soltanto la conversione dei cuori e la salvezza di tutti. Difende il diritto dei cittadini ad associarsi per migliorare le proprie condizioni di vita, senza che su di loro si abbatta la repressione. Romero condanna la violenza "istituzionalizzata", cioè l'ingiustizia per cui la maggioranza dei cittadini si vedono privati del necessario per vivere, e la violenza repressiva con la quale lo stato soffoca qualsiasi protesta contro l'ingiustizia; delinea la "violenza dei disperati" che, anche se concepita come l'ultimo ed unico modo efficace per mutare la situazione sociale, è sterile, fa versare sangue ed esplodere la società; l'unica violenza veramente cristiana è invece quella della nonviolenza. Monsignore individua tre realtà che, assolutizzate, sono divenute idoli, che si oppongono a Dio e distruggono e disorientano gli uomini nella società salvadoregna: gli idoli della ricchezza, che impedisce alla maggioranza di godere dei beni che il Creatore fece per tutti, della sicurezza nazionale, che con l'abuso di potere e la violazione dei diritti umani si è convertita in un dio Moloc nel cui nome ogni giorno si sacrificano numerose vittime ed ha trasformato lo stato in un macchina da guerra che sta stritolando i poveri, e delle organizzazione, che, nate dal popolo per il fine fondamentalmente buono di procurare il bene del popolo stesso, se assolutizzate generano lotte per il potere, settarismo e fanatismo. Monsignore delinea la "pastorale di accompagnamento", che è il rapporto della Chiesa con quegli individui o gruppi cristiani che hanno assunto un'opzione politica concreta come impegno della propria fede nella storia. La Chiesa, pur non identificandosi con nessun partito e nessuna opzione politica, ha il dovere di aiutare i cristiani perché, a partire dai valori del Vangelo, rimettano continuamente in questione le proprie scelte, verificandole anche nel contesto ampio e complesso della politica in generale.